氰基丙烯酸酯和氰基丙烯酸乙酯是两种常见的有机化合物，它们在化学结构上有着一定的区别。

首先，氰基丙烯酸酯的化学式为C6H5C(CN)=CHCOOCH3，而氰基丙烯酸乙酯的化学式为C6H5C(CN)=CHCOOC2H5。从化学式可以看出，它们的分子结构非常相似，只是分子中的一个基团不同，一个是甲酯基，一个是乙酯基。

其次，在物理性质上，氰基丙烯酸酯的熔点为25-26℃，沸点为208-209℃，而氰基丙烯酸乙酯的熔点为-8℃，沸点为195℃。可以看出，氰基丙烯酸乙酯的熔点比氰基丙烯酸酯低，沸点则比氰基丙烯酸酯高。

此外，在应用上，氰基丙烯酸酯和氰基丙烯酸乙酯都可以用于合成聚合物，如丙烯酸树脂、聚酯树脂、聚脲醛树脂等。不同的是，由于氰基丙烯酸乙酯的熔点较低，因此在制备聚合物时需要采用较低的反应温度，以避免分解和失活。

综上所述，氰基丙烯酸酯和氰基丙烯酸乙酯在化学结构、物理性质和应用上都存在一定的区别，需要根据具体情况选择合适的化合物。